¿Cómo puedo saber si tengo ómicron? El gen que no brilla en la PCR

Soy contacto estrecho de un positivo. O empiezo a tener síntomas. Acudo a un test. Doy positivo pero… ¿cómo sé si estoy contagiado con ómicron? ¿Debería tener algún síntoma concreto? ¿Alguna indicación en el propio test? Este monólogo se está repitiendo y buscando recurrentemente en la web en las últimas semanas, mucho más que en las pasadas olas, dado el interés despertado por la nueva variante, más contagiosa.

Para empezar, un test de antígeno es incapaz de determinar si una persona contagiada de coronavirus es portadora de una u otra variante del SARS-CoV-2. Una PCR, por sí sola, tampoco. Pero la principal casa comercial de este tipo de pruebas en España sí es capaz de darnos una pista sólida, confirma a Newtral.es la doctora María Tomás, una de las mayores expertas en pruebas diagnósticas en España desde el Complejo Hospitalario Universitario de A Coruña.

“Se puede hacer una PCR preliminar, antes de secuenciar genéticamente la muestra, que es lo que determinará el tipo de variante”, señala Tomás, quien también es investigadora del INIBIC y portavoz de la Sociedad Española de Enfermedades Infecciosas y Microbiología Clínica (SEIMC). Las PCR típicas amplifican tres partes concretas del genoma del SARS-CoV-2 (S, ORF y N). “Hay una región, en la S, la 69/70, donde ómicron tiene una deleción (un borrado)”. Esto significa que no puede aparecer en una muestra con ómicron.

La secuenciación genética es un procedimiento más tedioso y lento, que requiere de tecnologías específicas en laboratorios de microbiología. Se realizan muestreos aleatorios, así como análisis concretos a muestras sospechosas. Bien por proceder de viajeros de zonas prevalentes, bien por esa ausencia de gen amplificado en PCR.

“Lo normal sería que, ante un positivo, en la máquina que procesa la muestra brillasen tres puntos concretos, tres zonas del genoma que se somete a análisis. Si no amplifica este fragmento [pero los otros dos sí], seguramente estemos ante ómicron”. Obviamente, para que pueda evidenciar esa ausencia, el modelo de test debe detectar varios genes, aparte de S.

Saber si es ómicron por los síntomas… depende

Gracias a PCR preliminares, se pudo detectar en aguas residuales de Cataluña la presencia de restos del coronavirus en su versión ómicron del pasado noviembre. También, la mayoría de casos sospechosos que se secuencian provienen de PCR con esta parte del genoma no detectada. Lo que técnicamente llaman ‘S gene dropout‘.

Desde Thermofisher, fabricante de kits de PCR, explican que “si bien el objetivo del gen S en la prueba se ve afectado, se ha determinado que los objetivos de los otros genes (gen orf1ab y N) en las pruebas no se ven afectados por ninguna de las mutaciones en ómicron, según la evaluación de secuencias publicadas en GISAID”.

Fue el mismo método por el que afloraron los primeros sospechosos de Alfa, variante que comparte esta mutación. “Ahora ya no hay alfa circulando, sino delta. En una PCR con delta sí aparece esa región amplificada”. Por eso sí podemos distinguir una ómicron de una delta antes de secuenciar, en este momento de la pandemia en España.

Lógicamente, “posteriormente se hace secuenciación, que es lo que hacen los laboratorios de microbiología de los hospitales”, si se quiere tener una confirmación. Si bien, desde el punto de vista clínico del paciente no parece muy relevante por el momento.

No hay evidencia clara de que ómicron sea peor o mejor que delta, desde el punto de vista del pronóstico. Sigue cursando como una enfermedad leve para la mayoría de personas vacunadas. Y potencialmente grave para quienes no han completado su pauta.

En cuanto a los síntomas, los primeros informes revelan que ómicron tiende a cursar con irritación de garganta, tos seca, cansancio extremo, dolores musculares leves y sudores nocturnos. No difiere demasiado de la sintomatología dada por delta, pero quizás hay menos presencia de mocos y estornudos. Con todo, esto parte de datos de Sudáfrica, con su particular perfil de población y de cobertura vacunal.

Un estudio preliminar de la Universidad de Hong Kong apunta que ómicron se multiplica 70 veces más rápido que la variante delta en los bronquios, pero 10 veces menos en pulmones. Eso podría explicar ciertos síntomas específicos, pero es prematuro sacar conclusiones, destacan.

España secuencia menos del 10% ‘deseable’

Como señala la OMS, los test PCR más habituales en los laboratorios no pueden determinar con exactitud la variante implicada en la muestra, pero sí inferir si se trata o no de ómicron. Desde la organización apuntan a que “los diagnósticos actuales de PCR de SARS-CoV-2 continúan detectando esta variante”, lo cual es clave desde el punto de vista del paciente. De cara al seguimiento de la pandemia, es importante secuenciar. 

A principios de 2021, la Comisión Europea pidió a los países miembros que incrementasen las tasas de secuenciación. En concreto, un mínimo del 5% y preferiblemente el 10% de los resultados positivos de las PCR. En octubre, España rondó de 3.000, casi un 6%, según explicó la la microbióloga del Instituto de Salud Carlos III María Iglesias a Cristina Armunia en El Diario. La tasa ha aumentado en las últimas semanas, ante el ascenso de ómicron, que cuenta con medio centenar de casos ‘oficiales’ reportados. La mayoría, ya, de transmisión comunitaria.

Más del 8% de las muestras secuenciadas en nuestro país son de ómicron, aún lejos del 20% de los positivos de Escocia con PCR en que no está el gen que delata a delta. Si bien, ya hay comunidades autónomas que manejan que ómicron circula de forma mayoritaria. Noruega alcanza el 18% de las muestras secuenciadas. Por su parte, Sudáfrica, donde primero se detectó, prácticamente no ve ya otra variante que no sea ómicron en sus laboratorios.

Dinamarca está a la cabeza. Pero como explica el microbiólogo Jens Lundgren, quien sigue la evolución en el país escandinavo, a Pablo Linde en El País, su Gobierno tiene una enorme capacidad de detección. Cada danés se ha realizado 17 tests de media desde que comenzó la pandemia. En España el promedio apenas es de 1,3.