La baja secuenciación en España impide conocer el avance real de ómicron

La variante ómicron se ha vuelto casi omnipresente en las conversaciones de los últimos días ante la escalada de contagios que se está viviendo. Solo el jueves 16 de diciembre, Sanidad notificó 17.309 nuevos casos, y la ocupación de camas UCI ha pasado de un 4,68% a mediados de noviembre hasta el 13,92% de la cifra más reciente, del 16 de diciembre. Sin embargo, apenas hay datos de la presencia de la variante en España.

En su último informe sobre variantes, del 13 de diciembre, Sanidad contabilizó 36 casos confirmados de ómicron. El Centro Europeo para la Prevención y Control de Enfermedades (ECDC, por sus siglas en inglés) aumenta la cifra de España hasta los 51 casos en el reporte del día 16. 

La curva de secuenciación muestra que la variante se está expandiendo más rápido que las anteriores. Apenas 14 días después de su primera detección en España ninguna de las anteriores superaba los seis casos detectados, mientras que de ómicron ya hay 44, según Our World in Data, la organización de análisis y visualización de datos de la Universidad de Oxford. Por ejemplo, de la variante delta, un mes después solo se habían detectado 26 casos.

En el gráfico se puede ver la evolución de las variantes desde el primer día de su detección en España y cómo la curva de ómicron es más vertical que las demás.

Los casos secuenciados de ómicron todavía no alcanzan los registros de la variante delta, pero el ECDC ya da por supuesto que es más contagiosa. “Evaluamos la probabilidad de una mayor propagación de la variante ómicron en la UE como muy alta”, aunque añaden que “la efectividad de las vacunas contra los resultados severos causados ​​por delta sigue siendo alta, por lo tanto, la vacunación sigue siendo un componente clave para reducir el impacto de ómicron”, como señaló la directora del ECDC, Andrea Ammon.

Falta de secuenciación y de PCR para poder conocer el avance de omicron

La falta de diagnósticos más precisos para España también ha llevado a Sanidad a reconocer que “los datos son todavía muy escasos para determinar el verdadero impacto en la transmisibilidad, la gravedad o el escape inmune de la variante ómicron”.

Sanidad obtiene la información sobre la prevalencia de las distintas variantes a partir de dos fuentes. Por un lado, secuenciar el genoma permite analizar todas las posibles mutaciones presentes y, por otro, realizan pruebas de cribado mediante PCR capaces de detectar una o varias mutaciones específicas. 

Sin embargo, el número de casos secuenciados en España en las últimas semanas ha descendido de manera considerable. Por ejemplo, en la semana del 22 al 28 de noviembre, la última para la que hay datos disponibles, se secuenciaron 440 casos frente a los 4.178 de la semana del 5 al 11 de julio; casi 10 veces menos. Esto significa que en esa semana del 22 al 28 de noviembre solo se secuenció uno de cada 130 casos, ya que se contabilizaron en total 57.385 casos.

En relación, los casos secuenciados en España no llegaron al 1% de los casos registrados esta semana. Una capacidad de secuenciación muy alejada del 10% recomendado por la Comisión Europea a principios de 2021 para identificar la progresión de las variantes o detectar otras nuevas.

“España tiene menor capacidad de secuenciación que otros países, pero se espera que ómicron se haga la más prevalente”, explica Javier Segura del Pozo, médico epidemiólogo y vicepresidente de la Asociación Madrileña de Salud Pública (Amasap). Para este experto, “todavía no sabemos si esto es bueno o malo, porque por una parte aumenta la transmisibilidad, pero por ahora parece ser menos grave y menos letal, por lo que puede ser también el principio del fin”. 

Segura recuerda que otras pandemias se han acabado “porque hay una mutación positiva en el sentido de que el bicho, para adaptarse y quedarse entre la población, se hace menos letal y se convierte en un vecino”. Aunque insiste en que todavía faltan más estudios para saberlo.

Noruega ya contabiliza como ómicron uno de cada seis casos

El ECDC ha contabilizado casos de ómicron en 27 países de Europa, con 170 casos confirmados en Francia, 102 en Alemania y hasta 1.498 en Noruega, donde también se contabilizan los casos probables. En el país nórdico, la variante ya supone el 17,6% de los nuevos casos. 

En todo el mundo se han notificado 10.150 casos confirmados de esta variante en 80 países, según el ECDC.

Algunos países ya han comenzado a tomar medidas para prevenir los efectos del avance de omicron, como Bélgica, que en un intento por agilizar la dosis de refuerzo ha reducido de seis a cuatro meses el plazo entre segunda y tercera dosis de la vacuna, o Canadá, que recomienda a sus ciudadanos no viajar al extranjero por ómicron. Mientras, otros se preparan para lo que viene, como Reino Unido, que ha alertado de que habrá un incremento "sustancial" de hospitalizaciones, después de que el país registrara 78.610 nuevos casos de covid en un día, una cifra récord.

El 98% de los casos en Sudáfrica ya son de ómicron

La tendencia en Sudáfrica, el primer país en secuenciar esta variante de la covid, muestra cómo la curva de contagios es mucho más vertical que con las anteriores. En apenas un mes y medio, la variante ya representa el 98% de los contagios en este país.